在中药品种整理的基础上，中药资源的近缘种及系统分类研究也得到快速发展，如“九五”以来，北京中医药大学杨春澍等完成了“八角茴香类和地枫皮类药的系统研究”，中国科学院西北高原生物研究所何廷农等完成了“中国龙胆科植物的研究”^[3]。2005年，肖培根院士依据植物的分类学、系统学、植物化学、药理学等多学科方法建立了研究亲缘关系、化学成分和疗效间的相关性的药用植物亲缘学。并用于大黄类、贝母类、芍药类、苍术类等药材亲缘关系的研究，对于正确进行系统分类，发现中药新资源具有重要意义^[9]。通过品种整理和基原鉴定确定了中药材的来源物种，出版了大量专著和中药材原植物原色图谱，其中国家药典委员会组织，陈士林、林余霖等主编的2010年版《中华人民共和国药典中药材及原植物彩色图鉴》是中药材原植物鉴定重要的参考书。

    分子生物学的一些最新成果和大量数据不断冲击传统的被子植物分类系统，为一些有争议类群的划分提供了新的证据。国际上的一些学者(angiosperm phylogeny group，APG组)，联合起来制订了结合分子分类依据的被子植物分类系统，于1998，2003，2009年分别推出了第1，2，3版《被子植物APG分类法》。该系统吸收了当前全世界大部分著名的植物分类学家的意见，并在不断修改中^[10]。APG分类系统的意义，在于依据植物界内在的分子信息系统进行系统分类 ......